Im Jahre 786 wurde Heygendorf im Zehntregister des Klosters Hersfeld als Heiendorph, später als Heigendorp erstmals urkundlich erwähnt. Schaafsdorf wurde sicherlich zur gleichen Zeit wie Heygendorf gegründet, jedoch erstmals 1273 als Scafsdorp urkundlich erwähnt.
Im 13. und 14. Jahrhundert unterstand Heygendorf dem Grafen von Mansfeld. Nachdem die Besitzverhältnisse unter verschiedenen Grafen in der darauffolgenden Zeit mehrmals wechselten, kam der Ort 1422 an die Wettiner. Unter deren Herrschaft stand das Dorf bis 1918. Die beiden Brüder Ulrich und Balthasar von Geusau erhielten 1451 das Rittergut Heygendorf zum Lehen. In ihrem Besitz befand es sich 357 Jahre lang.
Seit dem 15. Jahrhundert gehörten die Dörfer zum Amt Allstedt im Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach.
Prominente Einwohnerin Heygendorfs war Caroline Jagemann, eine Wiener Schauspielerin und Geliebte des Weimarer Kurfürsten Karl August der ihr das Lehen Heygendorf 1809 schenkte. Damit endete die Herrschaft der von Geusau, die während ihrer Herrschaftszeit wegen ihrer Streitsucht oft eine Landplage waren. Ein Sohn von Caroline Jagemann, Wolfgang, erbte nach dem Tod der Mutter das Gut. Erst 1930 verkauften dessen Nachkommen das Eigentum. Im Jahre 1830 endete auch die Zugehörigkeit Schaafsdorfs zum Rittergut Heygendorf.
Im ersten Viertel des 20. Jahrhunderts bohrte man in der Heygendorfer Flur nach Kali, gab aber bald darauf aus Wirtschaftlichkeitsgründen auf. Die Ruine der Anlage erhebt sich noch heute weithin sichtbar über Heygendorf.
1923 wurden die beiden Orte Schaafsdorf und Heygendorf zu einer Gemeinde zusammengelegt.
Mit der Gebietsreform kam das Dorf 1952 zum Kreis Artern und gehört seit 1994 zum Nordthüringer Kyffhäuserkreis.
Herr Rein
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